Как насчет
perl -alne 'print join " ", $F[0], split("", $F[1])' data
ID01 1 2 0 1 2 0 1 0 1
ID02 1 0 1 0 1 0 1 0 1
ID03 2 1 0 2 1 0 2 1 0
ID04 5 0 5 0 5 2 1 2 0
Если вы хотите вывод (полностью) с разделением табуляцией, измените значение на
perl -alne 'print join "\t", $F[0], split("", $F[1])' data
или если вы хотите сохранить табуляцию после ID
но разделяйте цифры во втором поле пробелом,
perl -alne 'print join "\t", $F[0], join " ", split("", $F[1])' data