Есть ли когда-либо веская причина для запуска sudo su?

Проверьте папку ~/.muttrc, возможно там есть настройки

set delete = no

или может быть специфический формат maildir

set maildir_trash = yes

эти настройки предотвращают удаление.

Если вы хотите удалять удаленные сообщения при синхронизации или выходе из mutt, используйте

set delete = yes

(или ask-yes, тогда mutt спросит вас, действительно ли вы хотите удалить выбранные сообщения) и

set maildir_trash = no

(или set nomaildir_trash).