Что именно делает флаг `-C` в `scp`?

Ваш cwd не является переменной , а является псевдонимом . Вместо этого вы можете сделать:

cwd='cd /work/local/assignment1'
alias module1='$cwd/module1'

Как предлагает @StephenHarris, вы можете добавить следующее, чтобы ваш cwd работал как обычно:

alias cwd='$cwd'