Имея такую же проблему, я исправил ее, следуя следующей процедуре:
/etc/X11/xorg.conf.d/
(например, 50-synaptics.conf
)И тачпад вернулся в gcontrol-center.
GNOME и большинство других окружений рабочего стола зависели от старых "synaptic" драйверов для тачпадов. Однако в GNOME 3.20 они перешли на libinput. Проблема была в том, что "xserver-xorg-input-synaptics" является зависимостью от "xserver-xorg-input-all".
Источник : https://lists.debian.org/debian-devel/2016/07/msg00266.html