Все удаленные файлы должны быть одним аргументом для rsync. Итак, просто поместите все удаленные файлы в одинарные скобки:
rsync -Pav -e 'ssh -i sshkey' 'user@remotemachine:/home/user/file1.zip file2.zip file3.zip' .
Кстати, вы также можете сделать это с помощью Asterisk (тогда Asterisk будет разрешен удаленной оболочкой):
rsync -Pav -e 'ssh -i sshkey' 'user@remotemachine:/home/user/*.zip' .