Вы создаете student_t_sampler_copy.c
из шаблона student_t_sampler.c
в начале скрипта и вне цикла, который обновляет копию, поэтому вы только обновляете копия в первой итерации цикла, а во всех остальных итерациях больше нечего менять. Вы должны скопировать файл внутри цикла (сразу после для
).