Установка Geant4 вместе с GEANT-3 и Root 6 вместе с Root 5

В простом случае, который вы показали выше, где каждая строка имеет два "слова", целевой каталог и новое имя, и где ни одно из них не может содержать пробелов, вы можете просто сделать следующее:

while read -r from to; do mv "$from" "$to"; done < file 

Это прочитает каждую строку в file, присвоит первую строку (до первого пробела) $from и остальную часть строки $to, а затем выполнит mv для каждой из них.