«head» печатает только одну строку?

Проблема не в wmctrl , который просит оконный менеджер выполнить данное действие, но в оконном менеджере.

Цитата из Подсказки расширенного диспетчера окон

Примечание по реализации: если приложение просит переключить _NET_WM_STATE_HIDDEN , диспетчер окон должен вероятно просто проигнорировать запрос, поскольку _NET_WM_STATE_HIDDEN - это функция некоторого другого аспекта окна, такого как минимизация, а не независимого состояния.

Обратите внимание на «вероятно»: нет определенного поведения, и некоторые оконные менеджеры могут скрывать окно, а другие - нет.

Дополнительная литература:

• _NEW_WM_STATE (список рассылки xdg)
• _NET_WM_STATE_HIDDEN изменение прерывает иконизацию