Что насчет:
for dir in $(find /startdir -depth -type d -name '*Fever*')
do dn=$(basename $dir)
mv $dir $(dirname $dir)/${dn//Fever/Malaria}
done
Это должно сработать. (Измените startdir на ваш стартовый каталог)
Команда find вернет только каталоги, содержащие 'Fever'. Команда mv использует встроенную подстановку bash, чтобы вернуть строку с Fever, замененную на Malaria.
Добавление -depth заставляет команду сначала обрабатывать подкаталоги.