Обратите внимание, что для правильного результата join оба файла file1 и file2 должны быть предварительно отсортированы по первому полю.
Если дела нет и вы хотите сохранить порядок
awk '
FNR==NR{a[$1]=$4 OFS $5; next}
$1 in a{print $0, a[$1]}
' OFS='\t' file2 file1