Я столкнулся с этой проблемой, но не в связи с системными пакетами. Я запускаю собственную сборку для своего проекта, и сервер генерирует 70 пакетов.
Если каким-то образом кэш и репозиторий пакетов рассинхронизируются. тогда я получаю эту ошибку. (Особенно, если вы перекомпилируете уже опубликованный пакет без предварительного изменения его версии.)
Другими словами, apt-get
получает два разных набора информации из двух разных мест и реагирует, говоря, что не может согласовать данные и просто не удается.