Это было добавлено 20 октября, задокументировано 22 октября и еще не вошло в выпуск, поэтому скомпилируйте его из исходного кода вот так :
git clone git://git.savannah.gnu.org/nano.git;cd nano;./autogen.sh;./configure;sudo make install
Затем добавьте следующее в ваш .nanorc:
set linenumbers
Вы можете использовать ^ # для включения и выключения номеров строк из Nano. Вероятно, он немного глючит, так как он недавний и не был протестирован многими людьми.