pdfunite $(sed 's/$/_*.pdf/' filenames.txt) output.pdf
Итак, если filenames.txt
содержит
CSAI_isotig00407:342-556
CSAI_isotig00408:342-556
Эта команда эффективно выполнит
pdfunite CSAI_isotig00407:342-556_*.pdf CSAI_isotig00408:342-556_*.pdf output.pdf