Похоже, что он работает как ожидалось на версии 3.0.6, я бы проверил наличие обновленного rsync в ваших репозиториях.
[user@server ~]$ mkdir test && cd test
[user@server test]$ mkdir folder && cd folder
[user@server folder]$
[user@server folder]$ echo "#line1" > file
[user@server folder]$ rsync -a -I . ..
[user@server folder]$ echo "#line2" >> ../file
[user@server folder]$ rsync -a -I . ..
[user@server folder]$ cat ../file
#line1
[user@server folder]$ cat file
#line1
[user@server folder]$ rsync --version
rsync version 3.0.6 protocol version 30
CentOS 6.7 final
Linux server 2.6.32-573.12.1.el6.x86_64 #1 SMP Tue Dec 15 21:19:08 UTC 2015 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux