Очень маловероятно, что здесь виноват systemd. Logind не делает ничего связанного с домашними каталогами (он занимается раздачей разрешений на доступ к локальному оборудованию для локальных входов, и не делает этого для удаленных входов - чтобы люди, входящие через SSH, не могли подглядывать за вашей веб-камерой).
Вместо этого, гораздо более вероятно, что вы не все сделали правильно.
Пожалуйста, покажите содержимое ваших конфигурационных файлов PAM после выполнения скрипта. Скорее всего, вы что-то упустили.
Попробуйте отключить nscd
, чтобы убедиться, что это не проблема кэширования.
Проверьте /etc/skel
; убедитесь, что в нем нет жестко закодированной ссылки на /home/$USER
.