Несколько дней назад было несколько интересных ответов на вопрос об аналогичной архитектуре. Взяв за основу предпочтительный ответ, вы можете выполнить
paste -d, file{1,2} |
awk -F, '
{ for (i=1; i<=NF/2; i++)
printf "%s%f", (i>1?", ":""), $(NF/2+i) / $i
printf "\n"
}'