Это похоже на Как включить комбинации клавиш Control для экрана GNU на замазке? , но касается другого аспекта.
При быстрой проверке кажется, что проблема заключается в конфликте между этой строкой
set-window-option -g xterm-keys on
и этой:
set -g terminal-overrides "screen*:kLFT5=\eOD:kRIT5=\eOC:kUP5=\eOA:kDN5=\eOB:smkx@:rmkx@"
Удаление параметра set-window-option
заставляет вашу конфигурацию работать на меня.