Немного запоздалый ответ, но вы можете вырезать год из формата даты rfc3339 и вставить его между двумя частями формата даты rfc3164 следующим образом:
$template myTemplate,"%timegenerated:1:6:date-rfc3164% %timegenerated:1:4:date-rfc3339% %timegenerated:8:15:date-rfc3164% %HOSTNAME% %syslogtag%%msg%\n"
*.* /var/log/my.log;myTemplate
Проверено на rsyslogd 7.4.4