Если вас устраивает установка разрешений на выполнение для всех во всех папках:
chmod -R -x+X *
-x
удаляет разрешения на выполнение для всех
{{ 1}} + X
добавит разрешения на выполнение для всех, но только для каталогов.
См. Ниже решение, в котором используется find
, чтобы действительно не касаться папок в соответствии с запросом.