сгенерируйте сценарий sed из вашего индексного файла (File2) вместо цикла, затем запустите этот сценарий для вашего File1 .. Это будет НАМНОГО быстрее :).
awk '{ print "s/sp_"$1"/"$2"/g"}' File2.txt > tranform.sed
затем выполните:
sed -i -f transform.sed File1.txt
, чтобы весь ваш сценарий мог выглядеть так:
awk '{ print "s/sp_"$1"/"$2"/g"}' File2.txt > transform.sed
sed -f transform.sed File1.txt
## if you want to remove your transformation file
rm transform.sed