Должен ли я скопировать ca.crt сервера на клиент?

Что происходит, так это то, что grep -q '[^ [: space:]]' обрабатывает оставшиеся строки стандартного ввода (что и делает grep по умолчанию, если вы не вводили его), ничего не оставляя для следующего чтения - указатель файла находится в EOF. Вам понадобится grep -q '[^ [: space:]]' <<< "$ line1" .

Простой способ избежать такой ошибки - всегда использовать дескриптор файла, отличный от стандартного, если ваш код цикла нетривиален. Есть много способов проглотить весь стандартный ввод за одну команду, но я еще не встречал программ, которые пытались бы читать FD 3 и выше по умолчанию.