Могу ли я установить настройки по умолчанию для rsync в режиме без демона?

Есть ли способ установить эти флаги по умолчанию?

Нет, по крайней мере, не с помощью конфигурационного файла. Используйте для этого псевдоним.

Полагаю, я могу установить псевдоним, но это кажется странным, если действительно нет файла конфигурации.

Я не думаю, что это странно. Это то же самое для таких инструментов, как ls - если вам нужны опции по умолчанию, вы должны использовать псевдоним.