Как файловая структура Linux работает?

Стандарт иерархии файловой системы: http://refspecs.linuxfoundation.org/fhs.shtml

Стандарты кодирования GNU: http://www.gnu.org/prep/standards/ также имеет политики в отношении использования каталога и иногда не соглашается с FHS

"Папка" является термином, использованным Mac и людьми Windows для обращения к каталогам. Используя его в Unix земля заставляет Вас походить на новичка, который еще не стал ориентированным.