Как удалить определенную строку из файла?

попробуйте

 awk '$1 == "," && NF==1 { next ; } { print ; } ' file > other_file

или

 grep  -v '^[ ]*,[ ]*$' file > other_file

или

 sed -i -e '/^[ \t]*,[ \t]*$/d' original_file

perl -i -ne 'print if ! /^\s*,\s*$/' file

Более кратким awk решением может быть:

awk '!(NF==1&&$1==",")' /path/to/file

• awk по умолчанию печатает всю строку, пока предикат/фильтр/условие истинно.
• В данном случае условием является не одно поле (NF==1) being ",".
• Поэтому только строка 3 будет не соответствовать условию, а остальные строки будут выведены.