Попробуйте Debian netinstall ИЛИ businesscard ISO. http://www.debian.org/CD/netinst/
Строка в Xresources обычно похожа на это:
name.Class.resource: value
Похож на Вас использование * вместо имени и класса:
*color0: black
Что означает, что Вы применяете цвет ко всему.
Если Вы хотите, применяют цвета к urxvt только:
URxvt*color0: black
Будучи более конкретным в Вашем.Xresources файле может решить проблему, это не идеальное обходное решение, если Вы действительно намереваетесь использовать подстановочные селекторы.
Другое обходное решение должно разгрузить Ваш.Xresources файл перед запускающимся калибром и перезагрузить его впоследствии:
xrdb -remove ~/.Xresources && calibre & sleep 5; xrdb -load ~/.Xresources