Как переместить большое количество файлов в исходные каталоги?

Возможно, вы действительно хотите:

while IFS='|' read -r i j rest <&3; do
  {
    printf '%s\n' "something with $i and $j"
  } 3<&-
done 3< "$INPUTFILE"

Но использование цикла оболочки для обработки текста часто является неправильным путем .

Здесь звучит так, будто вам просто нужно:

awk -F '|' '{print $1 ":" $2}' < "$INPUTFILE"

Теперь в качестве ответа на вопрос в заголовке для оболочки с для циклов, принимающих более одной переменной, у вас есть zsh (похоже, вы уже используете синтаксис zsh, не цитируя свои переменные или не отключая подстановку подстановки при разделении подстановки команд):

$ for i j in {1..6}; do echo $i:$j; done
1:2
3:4
5:6

Или в более короткой форме:

for i j ({1..6}) echo $i:$j

Эквивалент с оболочками POSIX:

set -- 1 2 3 4 5 6
## or:
# IFS='
# ' # split on newline
# set -f # disable globbing
# set -- $(awk ...) # split the output of awk or other command
while [ "$#" -gt 0 ]; do
  echo "$1:$2"
  shift 2
done