Как узнать, правильно ли я установил Java?
Не зная точного устройства, я думаю, что у ядра есть веская причина запретить одновременный доступ к нему. Чтобы разрешить обеим вашим программам квази-одновременный доступ в любом случае, вы можете ввести третью программу, которая будет находиться между вашими программами и устройством. Эта программа может открыть /dev/gpio и принимать команды от ваших программ через сокет домена UNIX (socket(2)) или именованный канал (mkfifo(3)).
Простого выполнения java -version должно быть достаточно, чтобы знать, что Java установлена. На самом деле Java - это не программа, которую вы используете, а язык программирования, на котором люди пишут свои программы (в данном случае Minecraft) и запускаются виртуальной машиной Java. Эта виртуальная машина выполняет любую программу, написанную на Java.
Могут возникнуть проблемы, если вы испортили переменные среды или попытались установить Java другим способом, кроме предложенного (с использованием вашего системного менеджера пакетов), из-за чего у вас могут возникнуть проблемы с выполнением некоторых java-программ.