Как присвоить специальные значки папок в XFCE?

Assumung Вы не используете эти приемы нигде, почему не это (соответственно выполнился, с помощью sed -i и возможно find -exec ..., который не был частью Вашего вопроса, не так ли?)

$ sed 's/eval(gzuncompress(base64_decode(.*)));//' << EOF                     
> <?php eval(gzuncompress(base64_decode('eF5Tcffxd3L0CY5WjzcyNDGGMV4+1dSwqSqzU0LQGAJCPCMM=')));eval(gzuncompress(base64_decode('eF5LK81LLsnMzKx+JjNW0rgUAqDUUxQ=='))); eval(gzuncompress(base64_decode('eF6VlMmy/3sMxOez/iJOojHFT0Ig/8jlTymmN/I=')));?>
> EOF
<?php  ?>

... можно впоследствии иметь дело с пустым <?php ?>s (которые не причиняют боль очень, не так ли?).

Отредактируйте удаленные разрывы строки, чтобы удостовериться, что это соответствует к описанной ситуации.

Edit2 Вы были бы более обеспечены просто замена всего с (известная польза) резервное копирование, вероятно, если у Вас есть тот.

Edit3 я просто поймал "все index.php файлы", укусил. Можно таким образом попробовать что-то как

find /path/to/wwwroot -name "index.php" -exec sed -i regex {} \;