Переменные не расширяются в одинарных кавычках, они рассматриваются буквально.
Вместо этого используйте двойные кавычки:
sed -i "s/WordToReplace/$the_word/g" thefile.sh
Попробуйте:
$ awk '{print $1; for (i=1;i<=length($2);i=i+60) print substr($2,i,60)}' file
>Directory1/file3
CTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTTTCCCCCCCCSCBCC
CCCCCCSCTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTTTCCCCCC
CCSCBCCCCCCCCSCTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTT
TCCCCCCCCSCBCCCCCCCCS
>Directory1/file4
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Как это работает:
print $1
Печатает первое поле в строке.
for (i=1;i<=length($2);i=i+60) print substr($2,i,60)
Для второго поля в строке мы печатаем по 60 символов за раз, пока не достигнем конца поля.
это тоже выглядит нормально
sed -E "s/^(>[^\s]+) /\1\n/; s/([[:alnum:]]{60})/\1\n/g" /path/file
результат
$ sed -E "s/^>([^\s]+) /\1\n/; s/([[:alnum:]]{60})/\1\n/g" /path/file
>Directory1/file3
CTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTTTCCCCCCCCSCBCC
CCCCCCSCTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTTTCCCCCC
CCSCBCCCCCCCCSCTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTT
TCCCCCCCCSCBCCCCCCCCS
>Directory1/file4
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
...
...
это работает:
fold -s -w 60
Выдает тот же результат, что и в вопросе.
Предполагая, что во второй части нет пробелов, это самый простой способ сделать это.