Как перенаправить ошибку программы в файл при использовании каналов

Попробуйте группировать скобками:

( pg_dump -v --dbname=mydb | pigz | openssl enc -aes128 -k ssecret -out db_dump.gz.aes ) 2>>db_dump.log

Индивидуальные выходные данные stderr из всех частей канала будут направляться в одно и то же место назначения.