Если строка содержит шаблон, вывести переменную в столбец

С sed, echoиtr:

$ se () { echo -n "$1 "; sed -n 's/\s*r('"$2"').*|r| =\s\+//p' DEMLIR-GEO_OPT-1-distance-1.coordLog | tr '\n' ' '; echo; }
$ se 0 1,5; se 1 2,5; se 2 2,8
0 1.869679 1.869821 1.869881
1 1.530989 1.531483 1.531900
2 1.849134 1.849626 1.849678

# using a for-loop
cnt=0; for i in 1,5 2,5 2,8; do se $((cnt++)) $i; done

Чтобы записать вывод в файл, вы можете использовать

{ se 0 1,5; se 1 2,5; se 2 2,8; } > DEMLIR_task.txt

Если это был неправильный порядок, вы можете использовать этот фрагмент, используя sed, pasteи printf:

$ se () { sed -n 's/\s*r('"$1"').*|r| =\s\+//p' DEMLIR-GEO_OPT-1-distance-1.coordLog; }
$ paste -d' ' <(printf '%s\n' 0 1 2) <(se 1,5) <(se 2,5) <(se 2,8)
0 1.869679 1.530989 1.849134
1 1.869821 1.531483 1.849626
2 1.869881 1.531900 1.849678

# using a for-loop and temp files, first column starts with 1 instead of 0
rm -f tmp.*; cnt=0; for i in 1,5 2,5 2,8; do se $i > tmp.$((cnt++)); done; paste -d ' ' tmp.* | cat -n

Вы получаете сообщение об ошибке dist1: unbound variable, поскольку вы установили параметр оболочки nounset. Затем вы используете переменную dist1до ее установки.

/REQUESTED STRUCTURE DATA/ { ++n; m = 0 }

$6 == "|r|" { r[n,++m] = $NF }

END {
    for (j = 1; j <= m; ++j) {
        $0 = j - 1
        for (i = 1; i <= n; ++i)
            $(i + 1) = r[i,j]

        print
    }
}

(перенаправить вывод, например. awk... >DEMLIR_task.txtдля сохранения в новый файл)

Данные поступают в виде разделов, каждый раздел начинается со строки REQUESTED STRUCTURE DATAи содержит ряд записей. Записи можно найти, ища строку |r|в 6-м поле.

Приведенная выше программа awkвыводит числа, собранные из последнего поля каждой записи в разделе в столбцах, каждой строке предшествует счетчик. Предполагается, что может быть любое количество записей для каждой секции(mв коде )и что может быть любое количество секций во входных данных(nв коде ).

Тестирование:

$ awk -f script.awk file
0 1.869679 1.869821 1.869881
1 1.530989 1.531483 1.531900
2 1.849134 1.849626 1.849678

Возможное решение только в awk. Я создалprg.awk:

BEGIN { j=0; }
{
    if ( $1 == "r(1,5)" )
    {
        dist1=$8;
    }
    if ( $1 == "r(2,5)" )
    {
        dist2=$8;
    }
    if ( $1 == "r(2,8)")
    {
        dist3=$8;
        print j": "dist1" "dist2" "dist3;
        ++j;
    }
}

Содержаниеfile.txt:

yurijs-MacBook-Pro:bash yurij$ cat./file.txt
REQUESTED STRUCTURE DATA

  Distance vector r(i,j) between the atom i and j in ANGSTROM

  r(1,5)           =     0.944776     0.190651     1.602108   |r| =     1.869679
  r(2,5)           =    -0.693580    -0.927860    -1.000974   |r| =     1.530989
  r(2,8)           =     1.618580     0.570765    -0.688275   |r| =     1.849134

 REQUESTED STRUCTURE DATA

  Distance vector r(i,j) between the atom i and j in ANGSTROM

  r(1,5)           =     0.945905     0.187745     1.601950   |r| =     1.869821
  r(2,5)           =    -0.692409    -0.928976    -1.001505   |r| =     1.531483
  r(2,8)           =     1.618487     0.572023    -0.688769   |r| =     1.849626

 REQUESTED STRUCTURE DATA

  Distance vector r(i,j) between the atom i and j in ANGSTROM

  r(1,5)           =     0.946708     0.186226     1.601724   |r| =     1.869881
  r(2,5)           =    -0.691970    -0.929421    -1.002033   |r| =     1.531900
  r(2,8)           =     1.618395     0.572685    -0.688576   |r| =     1.849678

Запустить программу:

yurijs-MacBook-Pro:bash yurij$ awk -f prg.awk./file.txt
0: 1.869679 1.530989 1.849134
1: 1.869821 1.531483 1.849626
2: 1.869881 1.531900 1.849678