zip исключает определенные файлы js без видимой причины

На справочной странице zip для опции -R указано следующее:

   -R
   --recurse-patterns
          Travel the directory structure recursively starting at the current directory; for example:

                 zip -R foo "*.c"

          In this case, all the files matching *.c in the tree starting at the current directory are stored into a zip archive named foo.zip.  Note that *.c  will
          match file.c, a/file.c and a/b/.c.  More than one pattern can be listed as separate arguments.  Note for PKZIP users: the equivalent command is

Итак, он ищет в дереве каталогов index.js, \"*.json\"(, честно говоря, не уверен, как он обрабатывает этот шаблон или что вы пытаетесь с его помощью выполнить )и node_modules. Однако вы не указали "*.js"или что-то подобное для включения других файлов.js.