Преобразование .rpm в .deb с использованием alien

Есть команда rename,

find -name '*Aligned.SortbyCoord.bam' -exec rename Aligned.SortbyCoord '' + \;

которая, как оказалось, находится в util-linux, так что вам придется установить ее, в пакете есть несколько хороших вещей.

Или вы можете исправить обычный список с помощью

find -name '*Aligned.SortbyCoord.bam' \
| sed -E 's/(.*)Aligned.*/mv "&" "\1.bam"/e'

если ваш sed достаточно новый, или

find -name '*Aligned.SortbyCoord.bam' \
| sed -E 's/(.*)Aligned.*/mv "&" "\1.bam"/' \
| sh -x

если нет, или вы можете сделать быструю функцию оболочки для этого,

doit () { while read; do mv "$REPLY" "${REPLY%Aligned*}.bam"; done; }
find -name '*Aligned.SortbyCoord.bam' | doit

или как oneliner

find -name '*Aligned.SortbyCoord.bam' | while read f; do mv "$f" "${f%A*}.bam"; done