shellcheck: "В POSIX sh, ulimit -H не поддерживается"

Если вы нашли похожее на это . Вы должны иметь возможность сделать что-то вроде:

find dir -name '*_tstaAligned.SortbyCoord.bam' -exec bash -c 'mv "$0" "${0/_tstaAligned.SortbyCoord.bam/_tsta.bam}"' "{}" \;

Хотя используется bash $ {var // find_all / substitute_with_this} , вы сопоставите только файлы, заканчивающиеся на _tstaAligned.SortbyCoord.bam , так как это образец, данный для find . Однако вы должны заменить каждое вхождение _tstaAligned.SortbyCoord.bam в имени, если в каком-либо файле их несколько. (Маловероятно, я думаю.)

Для тестирования сделайте что-нибудь вроде:

find dir -name '*tstaAligned.SortbyCoord.bam' -exec bash -c 'printf "mv \"%s\" \"%s\"\n" "$0" "${0/_tstaAligned.SortbyCoord.bam/_tsta.bam}"' "{}" \;