Сценарий Bash должен уничтожать только те экземпляры другого сценария, который он запустил

printf \\n%.0b `seq 1 ${NUMBER OF TIMES YOU WANT}` | $CMD
Если ваш $CMD не любит трубу, вы можете попробовать: 
printf 'PRESS CTRL+V then ENTER TWICE\n' >&2 ; read -r ENTER

$CMD <
Если это не сработает, вам следует поискать решение вроде expect уже упомянутого, или pty.  Например, zsh имеет встроенный zpty модуль.