htop / top с указанием фильтра имени процесса в командной строке - при запуске программы?

Вы можете сделать это в top, а не в htop, о котором я знаю.

Вам нужен флаг -p. Например:top -p $(pgrep -d',' -f "geany")

Это запустит top с отображением процессов только для geany.

Хм, сейчас 2021 -03 -25, у меня стоит htop версии 3.0.5 под Arch и --filter test, -F test,
--filter="test"и -F="test"у меня работают нормально. Это включено в справочную страницу:

COMMAND-LINE OPTIONS
[...]
       -F --filter=FILTER
              Filter processes by command