Почему бы не запланировать выключение с помощью cron?

Это действительно просто предположение, так как вопрос действительно не ясен. Надеюсь, чтение этого поможет вам прояснить ситуацию (если она не верна). Для начала, чтобы увидеть список файлов, с которыми будет работать эта программа, вы можете сделать:

 find dir/with/files -name '*.in'

Как только вы убедитесь, что у вас есть нужные файлы:

find dir/with/files -name '*.in' -print0 |
  xargs -0 sed "
    \:Name='<b>Start Transmission with All Torrents Paused</b>': d;
    \:Name='<b>Start Transmission Minimized</b>': d"

Это выведет конкатенацию файлов с удаленными строками, которые вам нужны. Это может вывести много данных, если файлов много или они длинные. Вы можете CtrlC отменить.

Если вы довольны тем, что получилось, добавьте опцию -i к sed, чтобы действительно изменить файлы. Если это не то, что вы хотите, то единственным способом восстановления будет резервное копирование.

find dir/with/files -name '*.in' -print0 |
  xargs -0 sed -i "
    \:Name='<b>Start Transmission with All Torrents Paused</b>': d;
    \:Name='<b>Start Transmission Minimized</b>': d"