Да, программа входа в систему FreeBSD использует / может использовать PAM, как описано здесь .
Для этого вам необходимо настроить PAM для аутентификации в Kerberos / AFS. Есть несколько руководств и примеров, как это сделать, например, этот , .
Большинство руководств, которые вы найдете, предназначены для Linux, но конфигурация PAM будет очень похожа на FreeBSD. Способ установки соответствующих библиотек PAM и настройки самого клиента AFS на FreeBSD будет сильно отличаться, но конфигурация PAM должна быть такой же.