В Debian 8: Вам понадобится платный пакет firmware-ralink .
apt-get install firmware-ralink
В Debian 9: Несвободный пакет - это firmware-misc-nonfree .
apt-get install firmware-misc-nonfree
См. Также вики Debian .
get_1000g_r2_prevcf_snplist_e.pl
— это имя файла, а не команда.
Ваши скрипты написаны на Perl, поэтому измените файл runscript
следующим образом:
perl get_1000g_r2_prevcf_snplist_e.pl 11:9554976-9657232 EUR ENSG00000133789.txt
perl get_1000g_r2_prevcf_snplist_e.pl 11:70272382-70444560 EUR ENSG00000131626.txt
perl get_1000g_r2_prevcf_snplist_e.pl 11:94324686-94541163 EUR ENSG00000020922.txt
...