TL;DR:

Просто укажите частичный каталог, как рекомендует rsync man pages:

--partial-dir=.rsync-partial

Более длинное объяснение:

На самом деле существует встроенная возможность сделать это с помощью опции --partial-dir, которая имеет несколько преимуществ перед альтернативами --partial и --append-verify/--append.

Выдержка из руководства rsync:

--partial-dir=DIR
      A  better way to keep partial files than the --partial option is
      to specify a DIR that will be used  to  hold  the  partial  data
      (instead  of  writing  it  out to the destination file).  On the
      next transfer, rsync will use a file found in this dir  as  data
      to  speed  up  the resumption of the transfer and then delete it
      after it has served its purpose.

      Note that if --whole-file is specified (or  implied),  any  par-
      tial-dir  file  that  is  found for a file that is being updated
      will simply be removed (since rsync  is  sending  files  without
      using rsync's delta-transfer algorithm).

      Rsync will create the DIR if it is missing (just the last dir --
      not the whole path).  This makes it easy to use a relative  path
      (such  as  "--partial-dir=.rsync-partial")  to have rsync create
      the partial-directory in the destination file's  directory  when
      needed,  and  then  remove  it  again  when  the partial file is
      deleted.

      If the partial-dir value is not an absolute path, rsync will add
      an  exclude rule at the end of all your existing excludes.  This
      will prevent the sending of any partial-dir files that may exist
      on the sending side, and will also prevent the untimely deletion
      of partial-dir items on the receiving  side.   An  example:  the
      above  --partial-dir  option would add the equivalent of "-f '-p
      .rsync-partial/'" at the end of any other filter rules.

По умолчанию rsync использует случайное имя временного файла, которое удаляется при неудачной передаче. Как упоминалось, используя --partial, вы можете заставить rsync сохранить неполный файл как если бы он был успешно передан, чтобы впоследствии можно было добавить к нему файл с помощью опций --append-verify/--append. Однако есть несколько причин, по которым это неоптимально.

1. Ваши файлы резервного копирования могут быть неполными, и без проверки удаленного файла, который должен быть все еще неизменен, нет способа узнать это.

2. Если вы пытаетесь использовать --backup и --backup-dir, вы только что добавили в историю версий новую версию этого файла, который до этого даже не выходил.

Однако если мы используем --partial-dir, rsync сохранит временный частичный файл, и возобновит загрузку, используя этот частичный файл при следующем запуске, и мы не будем страдать от вышеописанных проблем.