SSH пытается прочитать весь оставшийся стандартный ввод, поэтому цикл прерывается.
Вам нужно связать его стандартный ввод с нулем с помощью dev / null
или сделать что-нибудь подобное.
Вот как я бы написал сценарий для этого:
#!/bin/bash
IFS=,
file=servers.txt
logfile=log.txt
while read server
do
ssh $server<<<"df -h | grep mysqlshare" 2>&1>>$logfile
done < $file
Пробовали ли вы использовать WiCD? Давно им не пользовался, но раньше видел настройку PEAP -TLS.