Как мы указываем, что несколько игнорируют шаблоны для 'древовидной' команды?

Вы просто предоставляете все шаблоны -I команда, разделенная |. Из страницы справочника:

-P pattern
      List  only  those files that match the wild-card pattern.  Note:
      you must use the -a option to also consider those  files  begin‐
      ning  with a dot `.' for matching.  Valid wildcard operators are
      `*' (any zero or more characters), `?' (any  single  character),
      `[...]'  (any single character listed between brackets (optional
      - (dash) for character  range  may  be  used:  ex:  [A-Z]),  and
      `[^...]'  (any  single character not listed in brackets) and `|'
      separates alternate patterns.

-I pattern
      Do not list those files that match the wild-card pattern.

Так, например

tree -I 'test*|docs|bin|lib'

пропускает 'документы', 'мусорное ведро', и 'lib', каталоги и любой каталог с 'тестом' на имя, везде, где они могут лгать в иерархии каталогов. Очевидно, можно применить подстановочные знаки для намного более мощного соответствия.