После поиска жизнеспособных решений вот два решения:
Загрузите и установите PyPy 2.4 через yum.
sudo yum --enablerepo = amzn-preview install pypy
Загрузите Portable PyPy.
https://bitbucket.org/squeaky/portable-pypy/downloads/pypy-4.0.1-linux_x86_64-portable.tar.bz2
В итоге я решил проблему, взяв за основу образ следующего образа докера , в котором используется supervisord, а не процесс init.d (без systemctl ).