Как проверить, существует ли в файле2 строка первой колонки file1?

Вы можете попробовать что-то вроде

#!/bin/bash 
cat file2.txt | while IFS=, read line; do

sed -i "/$(grep $line file1.txt)/d" file1.txt

done

Имейте в виду, что sed -iвнесет прямые изменения в файл file1.txt, но вы можете изменить команду на sed -i.ibk, чтобы сохранить резервную копию исходного файла.

Например

$cat file2.txt 
1.1.1.1
7.7.7.7

$cat file1.txt 
1.1.1.1,string1,comment1
7.7.7.7,string3,comment3
2.2.2.2,string2,comment2
88.88.88.88,string4,comment4
999.999,999,999,string5,comment5

output 
2.2.2.2,string2,comment2
88.88.88.88,string4,comment4
999.999,999,999,string5,comment5