Значение извлечения из другого столбца и замены в другом столбце

Немного сложного варианта, однако это работает вполне прилично.

head -2 file 
join <(grep "Xm Gen CDS" file | cat -n) \
     <(grep "Xm Gen extracted region" file | cat -n) | \
     sed 's/^[0-9]* //;s/CDS [0-9]*\s[0-9]*\(\s.*interval="\([0-9]*\)\s<-\s\([0-9]*\)\)/CDS\t\2\t\3\t\1/;s/ Xm Gen extracted.*//'
grep "Xm Gen extracted region" file

выполнять его как сценарий оболочки

#!/bin/bash
FILE="$1"
head -2 "$FILE"
join <(grep "Xm Gen CDS" "$FILE" | cat -n) \
     <(grep "Xm Gen extracted region" "$FILE" | cat -n) | \
     sed 's/^[0-9]* //;s/CDS [0-9]*\s[0-9]*\(\s.*interval="\([0-9]*\)\s<-\s\([0-9]*\)\)/CDS\t\2\t\3\t\1/;s/ Xm Gen extracted.*//'
grep "Xm Gen extracted region" "$FILE"