Постоянная загрузка модуля не работает

Если порядок вывода не важен и ваша оболочка поддерживает подстановку процесса (bash поддерживает), вы можете использовать объединить в отсортированных файлах:

join -v 1 <(sort -k1,1 file1) <(sort -k1,1 file2) | column -t
r0012:21:10  21  LLAAAATTTGC  *  +  XM:21
r002:21:10   21  YAAAATTTGC   *  =  nM:21

Объяснение: объединить файлы в первом столбце, -v 1 = вывести несовпадающие строки из первого файл. Файлы отсортированы по их первому столбцу -k1,1 . Последний столбец -t хорошо печатает.