Отменить отмену с исключением существующих папок и удалить файлы на диске, которые отсутствуют на диске

Попробуйте указать желаемое имя целевого каталога после вашей команды, например,

git clone <remote URL.git> nameIwant

Изman git-clone:

<directory>
    The name of a new directory to clone into. The "humanish" part of
    the source repository is used if no directory is explicitly given
    (repo for /path/to/repo.git and foo for host.xz:foo/.git). Cloning
    into an existing directory is only allowed if the directory is
    empty.