Что можно сделать через «Config каталоги», которые невозможно с простой «конфигурационными файлами»?

Если в вашем дистрибутиве есть система управления пакетами, и может потребоваться добавить разные пакеты в разные части конфигурации, то гораздо проще просто поместить новый файл в новый каталог конфигурации, а не изменять какую-то часть в файле конфигурации..

Заметьте, что проще сделать это с каталогами, а не потому, что по-другому невозможно . В прошлом скрипты установки пакетов должны были изменять отдельные файлы конфигурации, и людям это надоело.