Shell: проверим, существует ли подкаталог, затем выполним команду

Вы не можете проверить сразу несколько путей в одном ifвыражении. Вместо этого вам придется перебирать родительские папки и проверять каждую из них на наличие каталога func:

for directory in "$mnt"/data/service/incomning/sub-P*/; do
    if [ -d "$directory"/func ]; then
        (cd "$directory" && fmriprep-docker run -it...)
    else
        (cd "$directory" && fmriprep-docker run -it --anat-only)
    fi
done

или что-то подобное (Я не знаю, что делает этот fmriprep-dockerинструмент и как он используется ).