Это нормально перезаписать файл, созданный MKTEMP?

Из справочной страницы

Create a temporary file or directory, safely, and print its name.

Можно добавить проверку успешности mktemp.

myfile="$(mktemp)"
if test $? != 0; then
  exit 1
fi

Если mktempзавершается успешно, создается файл, которого раньше не было. Вы можете безопасно перезаписать этот файл, для чего используется mktemp. Разрешения установлены на u+rw, как указано в руководстве.